Die Bannerwerbung kann im Rahmen eines Partnerprogrammes erfolgen. Diese Partnerprogramme werden von Affiliate-Netzwerken angeboten. Insbesondere private Homepages nehmen häufig an Bannertausch-Netzwerken teil, um sich gegenseitig Besucher weiterzuleiten. Größere Websites bedienen sich beim Verkauf der Werbeflächen zumeist eines spezialisierten Vermarkters, während Auswahl, Planung und Einkauf im Sinne der Werbeziele des Kunden durch eine Mediaagentur erfolgt.
Wenn der Besucher das Banner anklickt, wird er automatisch auf die Internetseite des werbenden Unternehmens geführt. Die Betreiber der Internetseite verdienen daran, wie oft das Banner des werbenden Unternehmens bei Besuchern eingeblendet wurde (TKP bzw. CPM-Modell) oder wie oft Besucher auf das geschaltete Banner geklickt haben (Cost-per-Click / CpC-Modell). Bei anderen Werbeformen verdient der Betreiber erst bei bestimmten Aktionen, die infolge der Weiterleitung ausgelöst wurden, z. B. einer Bestellung in einem Online-Shop (so genannte Cost-per-Order oder Sale-Programme) oder bei Anmeldung auf einer Internetseite (so genannte Cost-per-Lead- oder Lead-Programme).
Werbebanner sind in der Regel animiert, um mehr Aufmerksamkeit zu erregen. Diese Bewegung und das Blinken werden jedoch oft als störend empfunden. Manche Benutzer haben sich sogar daran gewöhnt, Banner nicht mehr wahrzunehmen, dementsprechend geringer ist heutzutage die Chance, dass ein Besucher ein Banner tatsächlich anklickt. Auch Werbefilter sind immer mehr verbreitet. Werbebanner haben dadurch als Werbeplattform deutlich an Attraktivität verloren. Die Attraktivität eines Banners wird durch die Click-Through-Rate gemessen, die den Anteil der Klicks im Verhältnis zu seinen gesamten Impressionen darstellt. Die Konversionsrate gibt an, wie viel Prozent der Klicks auf einen Banner zu einem messbaren Abschluss geführt haben (etwa Bestellung eines Produktes oder das Abonnieren eines Newsletters) und kann dazu dienen, Berechnungen über die Wirtschaftlichkeit des Einsatzes von Bannerwerbung zu erstellen.
Neue Formen der Werbung stellen zum Beispiel die Pixel-Banner dar, die im Gegensatz zu den übrigen Varianten nicht auf alleinige Darstellung eines Werbeträgers, sondern auf eine gemeinsam genutzte Werbefläche bauen.